Sau khi thành lập hội đồng không ngừng đẩy mạnh quan hệ hợp tác kinh tế bằng cách phối hợp giữa các nước theo Xã hội chủ nghĩa. Trong các kế hoạch kinh tế dài hạn, như phân công sản xuất theo hướng chuyên ngành trong phạm vi các nước Xã hội chủ nghĩa, đẩy mạnh mua bán và trao đổi hàng hóa, phát triển công nghiệp nông nghiệp giao thông vận tải và hợp tác khoa học kỹ thuật.

Tuy thế trong hoạt động của mình,Hội đồng Tương trợ Kinh tế cũng bộc lộ nhiều thiếu sót, sai lầm như khép kín cửa và không hòa nhập vào được nền kinh tế thế giới đang ngày càng quốc tế hoá cao độ, nặng về hàng hoá trao đổi mang tính bao cấp, nền kinh tế chỉ huy...

Trước sự sụp đổ chế độ Xã hội chủ nghĩa ở các nước Đông Âu và trước biến đổi về tình hình thế giới, sự tồn tại của Hội đồng Tương trợ Kinh tế không còn thích hợp nữa. Do đó hội nghị đại biểu các nước thành viên vào ngày 28 tháng 6 năm 1991 quyết định chấm dứt mọi hoạt động.